WERAM Information
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WERAM ID | WERAM-Cae-0046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein ID | Y48B6A.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Uniprot Accession | Q9U297; KDM4_CAEEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank Protein ID | NP_496969.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | Lysine-specific demethylase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank Nucleotide ID | NM_064568.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | KDM4;jmjd-2Y48B6A.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Information |
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Details |
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Status | Reviewed | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Classification |
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Organism | Caenorhabditis elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NCBI Taxa ID | 6239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Functional Description (View) |
Histone demethylase that specifically demethylates 'Lys-9' and 'Lys-36' residues of histone H3, thereby playing a central role in histone code. Demethylation of Lys residue generates formaldehyde and succinate. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Domain Profile | HDM JHDM3_JMJD2 JHDM3.txt 2 edveeWnlnklktildsvekelkieieGvntpylyvgmlkttfaWhvedmdlysinylhfGapktWyavpseaakrlekllrkefs...esakeceaflr 98 |
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Protein Sequence (Fasta) | MASAATTTHF PSSRIPSEPC ASSGPLFPDD VLFTTEASSA SSSSCHVEND SRPLSPTMFT 60 DGRTPVNISA KHLKDHPLHE PTGTSEVLTF YPTMREFKNF SQYIKKIEQN GGHLKAGIAK 120 IVAPEGWTPR PTRKDFSDVD DYEITQPARE TIEATEKPGA YFKRNVTCRR KMPVREFRTL 180 ANSAQYRNPR PDLKGSEIEK HYFDNILHGE PIYGADTEGS FYDAQVEEWN MNRLGTILED 240 TNYEIKGVNT VYLYFGMYKT TFPWHAEDMD LYSINFLHFG APKYWFAISS EHADRFERFM 300 SQQFSYQNEY APQCKAFLRH KTYLVTPELL RQAGIPYATM VQRPNEFIIT FPRGYHMGFN 360 LGYNLAESTN FASQRWIDYG KDAVLCDCNK DSVKIDMTHF MAKYRPDEYT TWWTYWYGGG 420 RELWIPKKKK EVPKKRRQSL ADASKIAKRA RLGASSTATD SDGSSGSSGS EEATEGSSFM 480 RALPAGYTVH NWQLRPDYDE LLRKYKKETK LLRSDTRIDF YQEREFNHAR RAEWPHCAVC 540 QYFQPPHMNA INHTVPNSSR RLIPKWCFSK TDTKKHEDHH EPPPPLDRLL TCSNCHVTVH 600 SHCCSGGGGG GGDDDDVTSS GEPWRCPRCR NRTDVEIRTT SCQLCELRGG ALIPCQIGTD 660 STWAHVACAL FNRRAIFDCP NRPGACFVEP SPRQQSETPR MPPRRLSEEY RAELGDLYEN 720 SRWECVVCHR TDEGLAPCVL CIEEQATTSL PTLAHVTCAR RVGFVCEVRD YPRGVVMICH 780 KHEHSYLVNK TTQQQAYTNV KVGDFVFVED VVEPPQKLFT RGAIVRADKK ETVVVDFLDN 840 SCSRDNHVED IISCECLFCE NGDHQYGARV KVVWDDKQVY DAYFRGKGQM IEYTVRLEDG 900 REVRHPRNRL KTKRELNAYL KK 922 |
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Nucleotide Sequence (Fasta) | ATGGCATCAG CGGCTACTAC AACACACTTC CCATCATCCC GGATACCAAG CGAGCCGTGC 60 GCATCATCTG GCCCCTTATT TCCAGATGAT GTGCTCTTCA CCACCGAAGC TTCTTCGGCT 120 TCTTCCAGCT CATGCCACGT GGAGAACGAC AGTAGGCCCT TGTCGCCTAC CATGTTCACT 180 GATGGACGGA CGCCAGTTAA TATTTCGGCA AAACATCTAA AAGATCATCC ACTCCACGAG 240 CCAACCGGCA CTTCAGAAGT GCTAACATTC TACCCAACAA TGCGGGAATT CAAGAATTTT 300 AGCCAATATA TCAAGAAAAT CGAGCAAAAC GGAGGTCATC TGAAAGCCGG AATCGCAAAA 360 ATTGTGGCGC CCGAAGGTTG GACGCCACGG CCGACAAGGA AGGATTTTTC AGATGTTGAT 420 GACTATGAAA TTACACAGCC GGCCCGCGAA ACAATCGAAG CCACCGAAAA GCCCGGAGCC 480 TACTTCAAAC GAAACGTCAC GTGTCGACGA AAAATGCCAG TCCGCGAGTT CCGCACGCTA 540 GCCAACTCTG CCCAATACCG TAACCCGCGG CCCGATCTAA AAGGCTCGGA AATCGAAAAG 600 CACTACTTTG ACAACATTCT CCACGGAGAA CCGATCTACG GAGCCGACAC CGAGGGAAGC 660 TTCTACGATG CTCAAGTGGA AGAGTGGAAT ATGAATCGGC TGGGCACAAT TTTAGAGGAC 720 ACGAATTACG AGATTAAGGG TGTTAATACA GTATATCTAT ATTTTGGAAT GTATAAAACC 780 ACTTTTCCCT GGCACGCCGA GGACATGGAT TTATATTCCA TTAATTTCCT TCATTTTGGA 840 GCCCCGAAAT ATTGGTTTGC AATCAGCTCG GAGCATGCTG ATCGATTCGA GCGGTTTATG 900 AGCCAACAGT TTTCATATCA GAATGAGTAT GCACCACAAT GTAAGGCATT CCTAAGGCAT 960 AAGACCTACC TGGTGACGCC TGAGCTGTTG AGGCAGGCCG GGATACCGTA TGCAACGATG 1020 GTTCAGAGGC CGAATGAGTT TATTATTACA TTTCCTCGTG GCTATCATAT GGGCTTTAAT 1080 CTCGGCTATA ACCTCGCAGA ATCCACCAAC TTCGCCTCTC AGAGATGGAT TGACTATGGA 1140 AAGGATGCGG TGTTGTGTGA TTGTAACAAG GATTCGGTGA AAATCGATAT GACCCATTTT 1200 ATGGCAAAAT ATCGGCCGGA TGAGTACACG ACTTGGTGGA CATACTGGTA CGGTGGCGGT 1260 CGGGAGCTCT GGATTCCGAA GAAGAAGAAG GAGGTGCCGA AGAAGCGGCG GCAGAGCCTT 1320 GCCGATGCAT CGAAGATCGC AAAAAGAGCA CGACTCGGAG CATCATCGAC GGCGACGGAT 1380 TCTGATGGAT CGTCGGGATC ATCGGGATCC GAGGAAGCGA CGGAAGGATC GAGCTTCATG 1440 AGGGCTCTGC CTGCTGGATA TACTGTACAC AATTGGCAGC TGAGACCGGA TTATGATGAG 1500 CTTTTGCGGA AGTATAAGAA GGAGACGAAA CTTCTTCGCT CGGACACACG AATCGATTTC 1560 TACCAGGAAC GAGAATTCAA TCATGCTCGG CGAGCCGAAT GGCCGCATTG CGCCGTCTGC 1620 CAGTACTTTC AGCCGCCTCA CATGAACGCT ATCAATCATA CGGTGCCTAA CTCATCTCGC 1680 CGGCTCATCC CAAAATGGTG CTTCTCGAAA ACCGACACCA AAAAGCACGA GGATCACCAC 1740 GAGCCGCCAC CACCGCTGGA CCGTCTGCTC ACTTGCTCCA ACTGCCACGT CACCGTCCAT 1800 TCTCATTGCT GCTCTGGCGG CGGCGGCGGC GGCGGCGACG ACGATGACGT CACAAGCTCC 1860 GGAGAGCCCT GGCGCTGCCC ACGATGCCGA AACCGAACCG ACGTCGAGAT CCGAACAACG 1920 TCCTGCCAGC TCTGCGAACT CCGCGGCGGA GCACTAATCC CGTGCCAAAT CGGCACAGAC 1980 TCGACGTGGG CTCACGTGGC GTGTGCTCTT TTCAATCGAA GAGCCATTTT TGATTGCCCA 2040 AACCGGCCTG GAGCATGCTT CGTCGAGCCA TCGCCCCGAC AGCAATCGGA GACCCCACGG 2100 ATGCCCCCCC GGCGGCTCAG CGAAGAGTAT CGCGCGGAGC TCGGCGATCT CTACGAGAAT 2160 TCCCGTTGGG AATGTGTCGT CTGCCATCGA ACAGACGAGG GTCTGGCTCC GTGTGTGCTC 2220 TGTATTGAGG AGCAGGCGAC CACATCGCTT CCAACACTGG CTCATGTCAC GTGTGCTCGC 2280 CGTGTTGGAT TTGTGTGTGA AGTTCGTGAC TATCCACGTG GCGTTGTGAT GATCTGTCAT 2340 AAGCACGAGC ACTCGTATCT CGTGAATAAG ACGACGCAGC AGCAGGCCTA TACTAACGTG 2400 AAAGTCGGCG ATTTTGTATT TGTGGAGGAC GTGGTGGAGC CGCCGCAGAA ATTGTTCACG 2460 AGAGGAGCCA TCGTACGAGC TGATAAGAAG GAGACCGTTG TCGTTGACTT CCTTGATAAT 2520 AGCTGTAGTC GTGATAATCA CGTGGAGGAT ATCATCTCGT GTGAATGCCT GTTCTGTGAG 2580 AACGGAGATC ATCAGTATGG GGCGAGAGTA AAAGTAGTGT GGGACGACAA GCAAGTCTAC 2640 GACGCGTACT TCCGTGGAAA AGGACAGATG ATCGAGTACA CGGTCCGACT GGAAGATGGC 2700 CGAGAAGTCC GCCATCCACG GAACAGGCTG AAAACGAAGC GAGAACTGAA CGCGTATCTC 2760 AAAAAATAGC TTTAATAAAT AAATAAATAT TCGATTTTTT AAAATTTACT ATTAAATAGT 2820 CCCTGACAAA AAATTCTTGT CAAAATGTAA TATATTCTCT CTTTCCCGCC CGTCTACCCT 2880 CAAATATGTG ATCTCTGCGC CTCTTTTCCC CCCAGTTTTT TTTTGTACGA AAAGTCGAAG 2940 AATCTCTAAT TATCCCTGTT TTTCTGTTTT TTTTCTGTAT TTTTTTGTCA TTTAAATATT 3000 TTTCGCTATT TTTCCCTATT ATTTTGCAGA AACTTTTAAA TGTTTTCCCC GAAATTGATC 3060 AATTTATCTA ATAAACCTTT TTTTTTCCAA 3091 |
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Sequence Source | Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Keyword | KW-0156--Chromatin regulator |
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Interpro | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PROSITE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pfam | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology | GO:0005634--C:nucleus |
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Orthology |
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Created Date | 25-Jun-2016 |