Classification:      Ac_Reader      Bromodomain

※ Bromodomain family introduction

    Bromodomain: Bromodomains (BRDs) are protein interaction modules that exclusively recognize acetylation motifs. BRDs are evolutionarily conserved and present in diverse nuclear proteins comprising HATs (GCN5, PCAF), ATP-dependent chromatin-remodeling complexes (BAZ1B), helicases (SMARCA), methyltransferases (MLL, ASH1L), transcriptional coactivators (TRIM/TIF1, TAFs) transcriptional mediators (TAF1), nuclear-scaffolding proteins(PB1), and the BET family. Despite large sequence variations, all BRD modules share a conserved fold that comprises a left-handed bundle of four a helices, linked by loop regions of variablelength, which line the Kac binding site and determine binding specificity. (1)

Reference
1. P. Filippakopoulos, S. Picaud, M. Mangos, T. Keates, J.P. Lambert, D. Barsyte-Lovejoy, I. Felletar, R. Volkmer, S. Müller, T. Pawson,et al.Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family. Cell.2012;149(1):214-231. PMID: 22464331.


    Ac_Reader Bromodomain 

  Aegilops tauschii (18)  Ailuropoda melanoleuca (40)  Amborella trichopoda (18)
  Anas platyrhynchos (31)  Anolis carolinensis (33)  Arabidopsis lyrata (29)
  Arabidopsis thaliana (28)  Ashbya gossypii (8)  Aspergillus clavatus (6)
  Aspergillus flavus (5)  Aspergillus fumigatus (6)  Aspergillus nidulans (6)
  Aspergillus niger (6)  Aspergillus oryzae (4)  Aspergillus terreus (7)
  Astyanax mexicanus (49)  Bos taurus (39)  Brachypodium distachyon (21)
  Brassica oleracea (32)  Brassica rapa (39)  Caenorhabditis elegans (13)
  Callithrix jacchus (43)  Candida albicans (9)  Candida glabrata (9)
  Canis familiaris (49)  Cavia porcellus (37)  Chaetomium globosum (9)
  Chlamydomonas reinhardtii (9)  Chlorocebus sabaeus (39)  Choloepus hoffmanni (24)
  Ciona intestinalis (19)  Ciona savignyi (15)  Coccidioides immitis (7)
  Cryptococcus neoformans (10)  Cyanidioschyzon merolae (9)  Danio rerio (49)
  Dasypus novemcinctus (39)  Dipodomys ordii (32)  Drosophila melanogaster (18)
  Echinops telfairi (33)  Equus caballus (41)  Erinaceus europaeus (29)
  Felis catus (41)  Ficedula albicollis (34)  Fusarium oxysporum (9)
  Gadus morhua (48)  Gaeumannomyces graminis (8)  Gallus gallus (32)
  Gasterosteus aculeatus (48)  Glycine max (52)  Gorilla gorilla (41)
  Homo sapiens (48)  Hordeum vulgare (17)  Ictidomys tridecemlineatus (35)
  Kluyveromyces lactis (8)  Komagataella pastoris (9)  Laccaria bicolor (9)
  Latimeria chalumnae (35)  Leersia perrieri (19)  Lepisosteus oculatus (37)
  Leptosphaeria maculans (8)  Loxodonta africana (39)  Macaca mulatta (38)
  Macropus eugenii (31)  Magnaporthe oryzae (9)  Magnaporthe poae (8)
  Medicago truncatula (35)  Melampsora laricipopulina (8)  Meleagris gallopavo (34)
  Microbotryum violaceum (9)  Microcebus murinus (34)  Monodelphis domestica (34)
  Mus musculus (39)  Musa acuminata (33)  Mustela putorius furo (41)
  Myotis lucifugus (43)  Neurospora crassa (7)  Nomascus leucogenys (40)
  Ochotona princeps (31)  Oreochromis niloticus (53)  Ornithorhynchus anatinus (35)
  Oryctolagus cuniculus (37)  Oryza barthii (18)  Oryza brachyantha (19)
  Oryza glaberrima (18)  Oryza glumaepatula (17)  Oryza indica (21)
  Oryza longistaminata (15)  Oryza meridionalis (15)  Oryza nivara (20)
  Oryza punctata (16)  Oryza rufipogon (21)  Oryza sativa (17)
  Oryzias latipes (47)  Ostreococcus lucimarinus (12)  Otolemur garnettii (38)
  Ovis aries (41)  Pan troglodytes (36)  Papio anubis (35)
  Pelodiscus sinensis (32)  Petromyzon marinus (16)  Phaeosphaeria nodorum (8)
  Physcomitrella patens (19)  Poecilia formosa (56)  Pongo abelii (37)
  Populus trichocarpa (38)  Procavia capensis (33)  Prunus persica (31)
  Pteropus vampyrus (36)  Puccinia graminis (11)  Puccinia triticina (8)
  Pyrenophora teres (9)  Pyrenophora triticirepentis (8)  Rattus norvegicus (35)
  Saccharomyces cerevisiae (10)  Sarcophilus harrisii (37)  Schizosaccharomyces japonicus (10)
  Schizosaccharomyces pombe (8)  Sclerotinia sclerotiorum (4)  Selaginella moellendorffii (19)
  Setaria italica (23)  Solanum lycopersicum (22)  Solanum tuberosum (19)
  Sorex araneus (28)  Sorghum bicolor (19)  Sporisorium reilianum (10)
  Sus scrofa (32)  Taeniopygia guttata (33)  Takifugu rubripes (43)
  Tarsius syrichta (30)  Tetraodon nigroviridis (44)  Theobroma cacao (24)
  Trichoderma reesei (7)  Trichoderma virens (7)  Triticum aestivum (55)
  Triticum urartu (18)  Tuber melanosporum (7)  Tupaia belangeri (27)
  Tursiops truncatus (37)  Ustilago maydis (10)  Verticillium dahliae (7)
  Vicugna pacos (29)  Vitis vinifera (21)  Xenopus tropicalis (35)
  Xiphophorus maculatus (49)  Yarrowia lipolytica (9)  Zea mays (30)
  Zymoseptoria tritici (7)